اکنون این حوزه با سوابق علمی و تاریخی و سیاسی کم‌نظیر، پس از پیروزی انقلاب اسلامی، گسترش کمّی و کیفیِ در خورد توجّهی یافته و ظرفیت شایانی برای پرورش علماء و محققان اسلامی در رشته‌های گوناگون پدید آورده است که شکوفائی این ظرفیت نیازمند مدیریتی جامع و
پویا است.
اختصاصی شبکه اجتهاد: مکتب اسلام مبتنی بر سه اصل مبدأ، معاد و رهبری الهی برای همه ابعاد مادی و معنوی بشر به مقتضای جامعیت و در هر عصری به مقتضای خاتمیت و جاودانگی آن، برنامه و دستورالعمل دارد؛ در این میان، رهبری الهی به عنوان موهبتی الهی و پیونددهنده دو اصل دیگر، هیچ گاه از انسان دریغ نشده است.
روحانیت به عنوان جریان تداوم بخش رهبری الهی و نظام اسلامی به عنوان یکی از لوازم حیات اجتماعی، دو نهاد اسلامی دیرپا و متلائم هستند.(درآمدی بر مناسبات روحانیت و دولت اسلامی با تأکید بر دیدگاه امام خمینی«ره»، علی معصومی)
از این‌رو حوزه علمیه یک نهاد مهم در تعلیم و تربیت دینی و کانون و قلب اندیشه و تفکر شیعی است که از نقش و جایگاه خطیر و مهمی در جامعه اسلامی برخوردار است؛ نهاد حوزه مصداق آیه شریفه «کَشَجَرَهٍ طَیِّبَهٍ أَصلُها ثابِت وَ فَرعُها فِی السَّماءِ» (ابراهیم/۲۴) و چونان درختی ثابت و ریشه‌دار است که در طول تاریخ مرکزی برای جویندگان معارف الهی بوده و ثمراتی شیرین و گوارا در عرصه جهانی عرضه داشته و در ساحت علم و تقوا، آثاری پربها ارائه کرده است.
در این میان حوزه علمیه مشهد مقدس به تعبیر رهبر معظم انقلاب یکی از کهن‌ترین و پربارترین مراکز علمی تشیع و مَهد پرورش بزرگان نام‌آور در دانش‌های عقلی و نَقلیِ اسلامی در طول چندین قرن است که مجاورت بارگاه منور رضوی علیه آلاف التحیه، مایه جذب علمای برجسته‌‌ای از دیگر حوزههای علمیه نیز به این دیار علم و معنویت شده و در دوره‌های گوناگون به سرمایه ارزشمند آن افزوده است.(متن حکم رهبر معظم انقلاب خطاب به مسؤولان حوزه علمیه مشهد، ۱۸/۱۲/۹۴)
بدین جهت حوزه مشهد به دلیل همجواری با آستان مقدس امام رضا علیه السلام به عنوان یکی از مراکز با ثبات تولیت دین و معرفی مکتب اهل بیت علیهم السلام از دیرباز مطرح بوده و در طول تاریخ تشیع و با وجود هجمه‌های مختلف به این نهاد مقدس از سوی حکام جور و طواغیتی همچون رژیم منحوس پهلوی هیچگاه باب علم در این وادی بسته نشده و حوزه علمیه در این دیار همیشه منادی و مروج فرهنگ و هویت دینی و حافظ و پاسدار اسلام و قرآن بوده است.
از دستاوردها و اهداف حوزههای علمیه در جامعه اسلامی، تربیت روحانیان صالح و مجتهدان پارسا است که چراغ راه هدایت و محل رجوع مشکلات دنیوی و مسائل اخروی در جامعه اسلامی هستد.
رهبر معظم انقلاب در این باره فرمودند: «اولین چیزی که در حوزههای علمیه لازم است، عمق بخشیدن به تحصیل دینی است؛ باید درس خواند، باید کار کرد، حوزههای علمیه باید صادرات فکری داشته باشند؛ باید روحانى عالم و فرزانه تربیت کنند؛ باید روحانى پاکیزه و پاکدامن پرورش دهند؛ باید روحانیونی پرورش دهند که با مسائل سیاسى عالم آشنا باشند و دنیا را بشناسند».(بیانات رهبرمعظم انقلاب در دیدار جمعی از روحانیان استان کرمان، ۱۱/۲/۱۳۸۴)
اما عینی‌ترین برون‌‌داد نقش و جایگاه حوزه علمیه در قرن حاضر را می‌توان به روشنی در پیروزی انقلاب اسلامی و در مرحله بعد، تثبیت نظام اسلامی در سال‌های دفاع مقدس و استمرار آن با ایجاد حماسه‌های معنوی، سیاسی و اجتماعی در راستای ایجاد تمدن نوین اسلامی برشمرد.
از این جهت نظام اسلامی، میدان حضور دین را از مقیاس محلی و ملی به سطح جهانی ارتقاء داده و اکنون صحبت از این است که جهانی‌سازی اسلامی چه جهت‌گیری‌ها، سازوکارها و الزاماتی دارد و حوزههای علمیه هم به‌تبع در این میدان باید نقش خود را ایفا کنند.
بنابراین با توجه به مطالبات صورت گرفته از نظام اسلامی در عرصه‌های مختلف فقه حکومتی، مسائل نوظهور اجتماعی و اعتقادی، حوزه علمیه به مثابه مؤسس و در جایگاه مادری نظام اسلامی باید دارای اهدافی معین و مشخص با دامنه بین المللی باشد.
اهدافی که تحقق بخشیدن به آن از رسالت‌های انبیاء الهی بوده است، همان گونه که رهبر معظم انقلاب بارها این نهاد مهم و تأثیرگذار را به تحول در روش و ساختار و به پاسخگویی و حل مسائل سیاسی، اجتماعی، تدوین سازوکارهای تمدن نوین اسلامی و نظام‌سازی در این راستا تشویق و در خصوص حوزه علمیه مشهد تأکید کردند: اکنون این حوزه با سوابق علمی و تاریخی و سیاسی کم‌نظیر، پس از پیروزی انقلاب اسلامی، گسترش کمّی و کیفیِ در خورد توجّهی یافته و ظرفیت شایانی برای پرورش علماء و محققان اسلامی در رشته‌های گوناگون پدید آورده است؛ شکوفائی این ظرفیت نیازمند مدیریتی جامع و پویا است.(متن حکم رهبر معظم انقلاب خطاب به مسؤولان حوزه علمیه مشهد، ۱۸/۱۲/۹۴)
از این‌رو برنامه‌ریزی در حوزه علمیه نیازمند مدیرانی فرهیخته و توانمند با آینده‌نگری و توجه به متغیرهای محیطی و شرایط نظام اسلامی و نظام بین المللی است، تا بتوانند از منابع انسانی و این فرصت تاریخی بی‌نظیر که به همت و توفیق نظام اسلامی به دست آمده، استفاده کرده و تهدیدات دشمنان را به فرصت تبدیل کنند.
در حال حاضر و در شرایط ایده‌آل تشکیل و تثبیت نظام اسلامی، حوزه علمیه طبق منویات رهبری معظم باید با نظام سازی و تدوین نقشه راه جامع و کاربردی در جهت حل معضلات جامعه اسلامی اقدام کند و بتواند با وارد کردن و عینی کردن فقه در بدنه اجرایی کشور، گره‌هایی از قبیل بانکداری اسلامی، بیمه، مالیات، قانون کار، تعلیم و تربیت، هنر، سیاست داخلی و خارجی، اقتصاد درون‌زا و مقاومتی و موضوعات دیگر را سامان دهی کند.
اگر حوزههای علمیه نسبت به مطالبات صورت گرفته از نظام اسلامی منفعل باشند؛ برخی از تصمیم‌گیرندگان در عرصه‌های مختلف کشور با وام‌داری حداکثری از نظام لیبرال سرمایه‌داری غرب و توهم توسعه و پیشرفت کشور به سبک غرب، سبب بروز معضلاتی از جمله تسامح و تساهل فرهنگی، بزک کردن غرب و ترویج سبک زندگی غیر اسلامی، فقر، وابستگی، نظام بانکداری غیر اسلامی، تجمل‌گرایی و فاصله طبقاتی خواهند شد و در نهایت بعد از شکست و بی‌توفیقی در مدل‌های غربی توسعه و مواجه شدن با خلأهای نظام لیبرال دموکراسی، معضلات به وجود آمده را به فقه و قوانین اسلامی نسبت داده و فریاد ناکارآمدی حکومت اسلامی را سر خواهند داد.
امروزه مرزهای عقیدتی ورای مرزهای جغرافیایی است و پیش‌بینی هوشمندانه و آینده‌نگری همراه با اقدام و عمل سازنده سبب می‌شود، تا ظرفیت عظیم انسانی نیروی جوان به صورت کارآمد و دقیق مدیریت شوند؛ لذا دیگر نمی‌توان در محدوده دانسته‌ها و تجربه‌های تاریخی سده‌های گذشته برای نسل جوان حوزه علمیه و رویش‌های امروز انقلاب اسلامی برنامه‌ریزی کرد.
با این توصیف سخن از تحول به معنای تغییر جهت گیری حوزه نیست؛ بلکه به معنای ارتقای تأثیر در جهت گذشته است؛ این ارتقای تأثیر وقتی واقع می‌شود که حوزههای علمیه بتوانند از منابع اسلامی، معارفی را استخراج کنند که بتواند پشتوانه اسلامی‌سازی علوم، اسلامی‌سازی الگوی پیشرفت، اسلامی‌سازی تمدن سازی، اسلامی‌سازی ساختارسازی، اسلامی‌سازی جهانی سازی و به تعبیر امام خمینی(ره) مبتنی بر فقه جواهری و با نگاه به نیازمندی‌های نظام و جامعه اسلامی و فقه حکومتی باشد.
تغییر و تحول مورد انتظار در حوزههای علمیه این است که بتواند خود را از مقیاس فردسازی که عمده رسالتش در گذشته بوده، به مقیاس سازمان‌سازی و جامعه‌سازی ارتقا دهد؛ همان‌گونه که رهبری با تأکید بر این مسأله فرمودند: «امروز حوزه نباید در صحنه‌های متعدد فلسفی و فقهی و کلامی در دنیا غائب باشد، این همه سؤال در دنیا و در مسائل گوناگون مطرح است؛ پاسخ حوزه چیست؟ نه باید غائب باشد، نه باید منفعل باشد؛ هر دو ضرر دارد.» (بیانات رهبر معظم انقلاب در دیدار طلاب، فضلا و اساتید حوزه علمیه قم)
بنابراین پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی، رسالت حوزههای علمیه را دو چندان کرده است؛ نظام اسلامی برای تأمین پشتوانه تئوریک خود به منظور تصمیم‌گیری و اجرا باید مبانی علمی لازم را در اختیار داشته باشد و این عرصه‌ای است که حوزه علمیه در کنار دیگر مجامع علمی باید در آن نقش فعال داشته باشد؛ زیرا بدون گسترش مرزهای علوم اسلامی به مباحث نوپدید و تولید علوم انسانی با رویکرد اسلامی، این نیاز پاسخ مناسب نمی‌یابد.(اعرافی، علیرضا، حوزه علمیه (چیستی/گذشته/حال/آینده)، ص ۱۵)
جهت اجرای اثربخشی این مأموریت، حوزه علمیه می‌بایست الزامات مناسب را در بعد استراتژی، ساختار، منابع انسانی و فن‌آوری را با توجه به فرصت‌ها و تهدیدات فراروی و ظرفیت درونی خود (نقاط قوت و ضعف) شناسایی نموده تا بتواند با طراحی راهبردهای مناسب، حضوری متناسب و مؤثر در عرصه جهانی داشته باشد.(رحمانی، جعفر، ضرورت‌های مدیریت استراتژیک فرهنگی در حوزههای علمیه در عصرجهانی شدن)
با این حال اگر حوزههای علمیه در گذشته در کنار وظایفی همچون تعلیم، تعلم، تهذیب و اخلاق و تربیت، نقش اجتماعی، فرهنگی، سیاسی و اقتصادی داشته و ظرفیت بالایی را در این زمینه‌ها از خود نشان داده‌‌اند؛ در عصر حاضر نیز باید کانون جوشانی باشد که حکمت، عقلانیت، فکر، معرفت و اخلاق را به جامعه ترزیق کند و برکات حوزه در جامعه و به خصوص در مساجد، مراکز علمی، فرهنگی و اقتصادی، دانشگاه‌ها و مدارس لمس شود.
بنابراین در نظام حوزه علمیه باید تلاش‌های جدی و لازمی در عرصه‌های مختلف انجام شود؛ حوزه‌هایی همچون تأکید بر رابطه دین و سیاست و نشاط سیاسی دین، تدوین ابواب جدید فقهی که در عرصه سیاست و اجتماع کاربرد دارند؛ مانند فقه سیاسی، فقه اجتماعی، فقه تربیت، فقه اقتصاد و اموری از این قبیل؛ ضرورت برطرف کردن خلأهای تئوریک موجود در نظام اسلامی و آمادگی برای پاسخگویی به شبهات و نیازها و بر لزوم دستیابی و شناخت صحیح از نقشه معرفتی دنیای امروز برای به دست آوردن یک رویکرد جامع در حوزه فکر، فرهنگ و معرفت.(رک، اعرافی، علیرضا، حوزه علمیه، چیستی/گذشته/حال/آینده)، ص ۶۷۸)
در جهان معاصر و با وجود تهاجم گسترده سکولاریزیم به عرصه‌های مختلف و بزک کردن ضدارزش‌های فرهنگی و تخریب اندیشه‌های ناب اسلامی، این حوزه علمیه است که می‌تواند عالم زمان خویش بوده و پاسخگوی نسل معاصر باشد.
همان گونه که ابوالحسن ندوی از متفکران اسلامی در همین راستا آورده است «حوزههای علمیه از چشمه‌های حیات نبوی(ص) آب می‌گیرند و کشتزار زندگی را سیراب می‌نمایند، به راستی که چشمه‌های نبوی هیچگاه نمی‌خشکند و بشریت نیز هیچگاه از آن احساس بی‌نیازی نمی‌کند.»